Innovatieve technologie ontcijfert codes uit eiwitten

ENGINEERINGNET.BE – Wetenschappers gebruiken nog steeds vaak massaspectrometrie om eiwitten te identificeren. Zo worden eiwitten in kleine fragmenten geknipt en vervolgens gemeten met de massaspectrometer.

Een computer reconstrueert het eiwit op basis van gegevens uit deze kleine fragmenten. Maar door eiwitten te knippen kun je waardevolle informatie kwijtraken.

“Bijvoorbeeld of het eiwit een schadelijke structuur heeft die een ziekte veroorzaakt”, zegt onderzoeker Mike Filius van de Technische Universiteit Delft.

In eerdere onderzoeken lieten de Delftse onderzoekers al zien dat elk eiwit, net als de menselijke variant, een unieke vingerafdruk heeft.

“We realiseerden ons dat we van alle aminozuren van een eiwit maar een klein deel hoeven te weten, waarna we het kunnen vergelijken met alle tot nu toe bekende eiwitten”, zegt promovendus Raman van Wee van de TU Delft.

“Deze aminozuren kunnen worden gedetecteerd met lichtgevende moleculen onder een microscoop, gehecht aan kleine stukjes DNA die heel specifiek aan bepaalde aminozuren binden.”

Hierdoor kan het team snel en zeer nauwkeurig enkele aminozuren identificeren om de structuur van het eiwit te bepalen. “Vanwege de gevoeligheid van deze nieuwe techniek, genaamd FRET

Hoewel het onderzoek veelbelovend is, moet het Chirlmin Joo-laboratorium van de TU Delft de techniek nog verder ontwikkelen voordat deze op grotere schaal kan worden toegepast.

De onderzoekers hebben al gesproken met verschillende belanghebbenden in klinische laboratoria en de biofarmaceutische industrie. Deze partijen zijn enthousiast over de innovatieve potentie die de technologie heeft.

De onderzoekers werken ook aan een nieuwe onderneming om van FRET X een platform te maken voor zeer gevoelige eiwitherkenning. Dit platform kan ziekten in de vroegste stadia detecteren en de effectiviteit van mogelijke behandelingen verbeteren.

Ook Wageningen Universiteit en Research en UUtrecht participeerden in dit onderzoek.