Atherosclerose en medicijnontdekking: deze twee jonge onderzoekers wonnen de Krijn Rietveldprijs voor hun vernieuwende onderzoek

Voor de vijfde keer dit jaar reikten het Leids Universiteits Fonds en dsm-firmenich de prijzen uit ter nagedachtenis aan Krijn Rietveld. Meer nog, dit jaar waren er twee prijzen te winnen. Marie Depuydt ontving de Krijn Rietveld Social Impact Doctoral Award voor haar publicatie over arteriosclerose, Jurren de Groot ontving de Graduate Societal Impact Award voor zijn masterscriptie.

Unieke combinatie van vaardigheden

“Marie’s werk is een unieke combinatie van biomedische technieken, lichaamsonderzoek en computermodellen”, zegt jurylid Wim Klop (en vice-president van DSM-Firmenich). ‘Zijn werk helpt ons arteriosclerose beter te begrijpen. Marie zette haar nieuwe kennis meteen om in ideeën voor nieuwe behandelingen. De onderzoeksgroep besprak hun resultaten ook met mensen van de Dutch Cardiovascular Alliance om na te denken over mogelijke toepassingen.’

Atherosclerose lijkt op een auto-immuunziekte

In zijn proefschrift, waar dit artikel deel van uitmaakt, liet Dupuydt precies zien welke cellen aanwezig zijn in de plaque die een slagader vernauwt. De talrijke T-cellen die hij vond duiden op een auto-immuunziekte. Depuydt: ‘Als we een hartaanval willen voorkomen, moeten we niet alleen rekening houden met cholesterol en hoge bloeddruk, maar ook met ons eigen immuunsysteem. Al tientallen jaren wordt er aandacht besteed aan de ontstekingsreactie die gemeten kan worden bij aderverkalking. Maar het was onduidelijk welke rol het immuunsysteem precies speelt.’

Depuydt promoveerde cum laude en werkt nu als postdoctoraal onderzoeker bij LACDR om meer te leren over hoe we schadelijke T-cellen kunnen elimineren. Hij deelt de prijs met collega-onderzoeker Frank Schaftenaar. “We delen de positie van eerste auteur van ons wetenschappelijk artikel en hij heeft er, net als ik, hard aan gewerkt.”

Efficiënter zoeken naar nieuwe medicijnen

Jurren de Groot ontwikkelde voor zijn masterscriptie een nieuw computermodel waarmee wetenschappers beter kunnen voorspellen of en hoe een potentieel medicijn zich aan RNA bindt. RNADock werkt met een vorm van kunstmatige intelligentie: De Groot trainde de computer met veel voorbeelden van de interactie tussen RNA en medicijnen. Vooral de focus op RNA is veelbelovend. Momenteel richten de meeste medicijnen zich op eiwitten, maar RNA-therapieën hebben een groot potentieel om ons te helpen nieuwe en betere medicijnen te ontwikkelen.

De ontwikkeling van nieuwe medicijnen is een kostbaar en tijdrovend proces. proberen en falen. Rnadock maakt dit proces sneller en efficiënter. “Het model van Jurren werkt beter dan traditionele modellen gebaseerd op fysische chemie”, zegt jurylid Thomas Bäck (hoogleraar bij het Leiden Institute for Advanced Computer Sciences). “En omdat het wordt aangedreven door machine learning, zal het model alleen maar beter presteren naarmate je er meer gegevens in stopt.”

‘Dat laat zien hoe vooruitstrevend het werk van Jurren was’

“Jurren is een toegewijde en gemotiveerde student”, zeggen begeleiders hoogleraar Gerard van Westen en promovendus Andrius Bernatavicius van LACDR. ‘Door zijn ervaring bij LIACS kon hij innovatief denken. Tijdens zijn stage bij ons onderzocht Jurren nieuwe manieren om het DiffDock-algoritme te gebruiken, dat de driedimensionale structuur van eiwitten en medicijnen voorspelt. Pas onlangs introduceerde het grote kunstmatige-intelligentiebedrijf DeepMind een soortgelijke methode als onderdeel van zijn AlphaFold 3-algoritme, wat aantoont hoe vooruitstrevend Jurrens werk was.’

Headerafbeelding: Van links naar rechts Wim Klop (vice-voorzitter dsm-firmenich), Jurren de Groot, vice-decaan Bart de Smit, Marie Depuydt en Lilian Visscher (directeur Alumnirelaties en Fonds Universiteit Leiden). Foto: